La mayoría de las ciudades japonesas, como Tokio, Osaka o Kobe, son puertos operativos. Dada la carestía del suelo edificable, se han llegado a construir islas y penínsulas artificiales.

  En multitud de lugares, la actividad geotérmica ha dado lugar a manantiales de aguas termales, ya sea a ras del suelo o ligeramente por debajo del mismo. Su contenido mineral varía; algunas tienen propiedades terapéuticas reconocidas , especialmente para enfermedades de los sistemas nervioso e intestinal.  Los japoneses se han bañado en ellas durante siglos, utilizándolas también para celebrar rituales de purificación. Hay manantiales donde se debe dejar enfriar el agua para poder bañarse.